Hned zpočátku je nutné zdůraznit, že v Japonsku tehdy existovaly dvě na sobě nezávislé letecké složky: armádní (chcete-li letectvo pozemních sil) a námořní. Mezi oběma složkami, a v podstatě mezi armádou a námořnictvem obecně, panovala značná rivalita. Ostatně tak tomu bylo i např. u Američanů (a je tomu dodnes). Nicméně obě složky si byly organizačně v lecčems podobné. Zato výzbroj byla rozmanitá a japonský průmysl vyvíjel jednak typy armádní, jednak námořní. Pro lepší představivost budeme u jednotlivých organizačních stupňů uvádět i přibližné české ekvivalenty, stejně tak pro tentokrát zůstaneme jen u armádního letectva a budeme používat přepis japonských výrazů v české nikoli anglické transkripci. Podotýkáme ale, že česká transkripce nebude úplná, např. místo „české“ Čutaj budeme používat pro oko více lahodící Čutai, tedy jakýsi „poloviční“ český přepis.
Základní bojovou jednotkou armádního letectva byla tzv. Šótai (roj). Skládala se ze tří letadel a pilotů – velitele a dvou čísel, Japonci totiž létali v klasické formaci „V“, později se lze setkat i se čtyřčlennou Šótai. V některé literatuře se také můžete setkat s pojmem Hentai - znamená totéž co Šótai.
Další bojovou jednotkou byla Čutai (letka, peruť). Obvykle se skládala ze 3 Šótai (9-12 letadel) a některé měly i čtvrtou, rezervní Šótai. Počet pilotů se pohyboval od 12 do 16, stejný byl i počet mechaniků. Zbytek asi 100 osob byl ostatní pozemní personál.
3-4 Čutai (plus jedna štábní) tvořily letecký pluk – Híkosentai, zkráceně Sentai. Jednotky na tomto stupni se dělily na druhy podle úkolu, který měly plnit. Základními druhy byly stíhací, bombardovací a průzkumná Sentai. Stíhací sentai byly vybaveny buďto jednomotorovými (např. Ki-43 Hajabusa) či dvoumotorovými (Ki-45) stíhačkami, bombardovací Sentai se dělily na lehké a střední. Počet letounů u jednotlivých druhů Sentai byl různý. U stíhací to bylo 39-49 letadel, u lehké bombardovací 20-30 letadel, těžké bombardovací 28 letadel a u průzkumné 18-27 letadel. Japonské velení často sestavovalo smíšené jednotky podle potřeby, stávalo se, že Sentai tvořily např. 2 stíhací a 2 bombardovací Čutai.